Dział Archeologiczny powstał w 2000 roku decyzją Zarządu Miasta do prowadzenia badań archeologicznych, głównie przy obiektach muzealnych, takich jak Twierdza Wisłoujście, Zespół Przedbramia, Ratusz Głównego Miasta Gdańska. Obiekty te, należą do zabytków o najważniejszym znaczeniu w naszym regionie, a prace wykopaliskowe uzupełniają naszą wiedzę na ich temat, a także wzbogacają zbiory Muzeum.